A történet ott folytatódik, ahol a Warrior Withinben abbamaradt. Hercegünk Kaileenával együtt visszatér az Idő szigetéről Babilonba, ahol azonban a hőn áhított béke és nyugalom helyett harcok dúlnak, és a birodalom is ellene fordul. A Herceget fogságba ejtik, és Kaileenának nincs más választása, mint feláldoznia magát és szabadon engednie az Idő Homokját, hogy megmentse. A szökevényként utcára kerülő Herceg egyedül indul útnak Babilonban, hogy megmentse Kaileenát és birodalmát.

A Herceget a testébe került Idő Homokja annyira „megmérgezte” már, hogy kalandjai során sokszor előtör belőle „második énje”, a Sötét Herceg (Dark Prince), így immáron két karaktert irányíthatunk a játékban. A Sötét Herceggé alakulás főhősünk külső átalakulásával jár együtt. Ilyenkor a testében lévő láncot (Daggertail) is alkalmazni tudjuk, mind mozgáshoz (például átlendülni két épület között), mind harc során. A Sötét Hercegnek az életben maradáshoz szüksége van a folyamatos gyilkolásra, így marad biztosítva testében a megfelelő mennyiségű homok.

Az egyik legjobban kiemelt és legfontosabbnak tekintett újítás a harcrendszer kiegészítése az ún. „Speed Kill System”-mel. Ez az ellenségek likvidálásának látványos módját jelenti, azonban az szükséges hozzá, hogy a megfelelő időben hajtsuk végre az adott mozgáskombinációt. A kulcsszó a pontos időzítés, máskülönben ellenségünk észrevesz a csapás előtt, és hagyományos küzdelemben vagyunk kénytelenek elintézni (ilyenkor jön képbe a Warrior Withinben bevezetett „Free Form” harcrendszer továbbfejlesztett változata). A Speed Kill System segítségével gyakorlatilag egyetlen ütéssel végezhetünk egy vagy akár több ellenféllel is. Az új harci lehetőség azonban a mesterséges intelligencia átalakítását is szükségessé tette a játékban: őrjáratozó ellenfeleink észrevehetik vagy meghallhatják a közelükben lévő Herceget, ha óvatlanok vagyunk. A bemutató során természetesen példákat is láthattunk a Speed Kill System alkalmazására: egyszer egy falon futott át a szemközti erkélyre a herceg, és végzett hirtelen az ott álló őrrel, egyszer pedig fentről, két fal között lefelé „lépegetve” lepte meg az ellenséget. Ez utóbbi helyen ráadásul egy teleport-szerű létesítmény – egy úgynevezett Sandgate – is volt, amin keresztül ellenségünk azonnal erősítést hívott, ha észrevett bennünket. A Herceg és a Sötét Herceg irányításakor egyaránt alkalmazhatjuk a Speed Killeket, az előbbi az Idő Tőrét, az utóbbi láncát használja a kivégzéshez.

A játékterület a történet előrehaladása érdekében korlátozott lesz, nem mászkálhatunk szabadon Babilon területén, de egy ilyen játéknál ez jól is van így, nincs szükség a GTA-jellegű szabad barangolásra. Az egészet pedig változatossá teszik a néha közbeékelt fogatos küldetések: egy lovas fogatra pattanva száguldozhatunk az utcákon, miközben támadnak ránk az ellenséges katonák. Nem kell azért fogat-szimulátorra számítanunk: ilyenkor csak jobbra és balra mozgathatjuk a járgányt, emellett viszont a Herceget is irányítani kell, hogy lecsapja támadóit.

Egy-egy fő ellenfél (boss) is az utunkba akad, ezek leveréséhez is nagy segítséget nyújtanak a Speed Kill kombinációk. Kissé skizofrénné váló hercegünknek a másik énje is szolgál néha tanáccsal, segítve eltalálni a megfelelő támadási módot az ellenfél elintézéséhez.

A Prince of Persia 3 a záró epizódja lesz a Sand of Time-mal indult sorozatnak. Ez nem jelenti azt, hogy nem lesz több Prince of Persia játék, de az Idő Homokjához kapcsolódó történetnek a tervek szerint ez évben vége szakad. A következő generációs konzolokra így már maximum egy teljesen új PoP sorozatra számíthatunk – egy sikeres játékszériát ugyanis nem valószínű, hogy veszni hagynának a fejlesztők és a kiadó...